快速生化分析仪探针和搅拌棒采用激流式等方式自动冲洗。清洗装置一般由吸液针、吐液针和擦拭刷组成。清洗工作流程为吸出反应---吸干---注入纯水吸干---擦干。清洗液有碱性和酸性两种。一般说来，在吸出反应液后，仪器先用碱性液冲洗，再用酸性液冲洗，最后用去离子水冲洗三遍。擦拭刷的功能是吸去杯壁上挂淋的水，刷体内部有负吸装置。使用进程中要注意擦拭刷是否磨损。
值得注意的是，对于常规冲洗还不能清除交叉污染的实验要特别处理，以减少交叉污染或携带污染。例如，胆固醇测定试剂中的胆酸盐对血清总胆汁酸的测定有干扰，在消除交叉污染的程序中，可输入程序，指令总胆汁酸不在测试胆固醇的比色杯中进行测定，如不能避开，仪器则对比色杯进行特别冲洗，防止发生交叉污染。
冲洗水的水温自动控制到与恒温反应槽温度相近，保证反应系统的恒温，并增加去污力。急诊测定后采用针对性清洗，似乎比采用固定的全面清洗程序更有效率更经济。耗水量仪器间相差较大。
国康全自动生化分析仪等系统具有自动清洗功能和最佳标本顺序选择功能。即仪器根据试剂或样品间交叉污染的项目组舍，自动改变检测顺序，避免互有影响的分析项目，确实无法回避时，则采用选定的特殊清洗剂做自动清洗。
